1 - Congressus Medico Romanus «De virginis cujusdam Calliensis stupendo morbo» habitus in Aedibus D. Hieronymi Brasavoli, die Lunae 21 septembris 1682. Romae, Dragoncelli, 1682.
2 - Problema «se la paura possa suscitare i vermi nel corpo dei bambini». Congresso Medico Romano tenuto dai Sigg. Dottor Giacomo Sinibaldi, D. Bartolomeo Santinelli e Gio. Maria Lancisi. Roma, 1687.
3 - Anatomia per uso et intelligenza del disegno, ricercata non solo su gl'ossi e muscoli del corpo umano, ma dimostrata ancora su le statue antiche più insigni di Roma, delineata in più Tavole, & c. per istudio della Regia Accademia di Francia, Pittura e Scultura, sotto la direzione di Carlo Errard. & preparata su i cadaveri dal dott. Bernardino Genga & colle spiegazioni e indice del sig. Canonico Gio. Maria Lancisi. &c. Roma, de' Rossi, 1691.
4 - Del modo di filosofare nell’Arte Medica, e si prova che per la medicina razionale è meglio servirsi della filosofia sperimentale che di qualunque altra. Discorso detto nell'anno 1693. (Galleria di Minerva, tom. 4°, part. 3a, Venezia, 1704).
5 - De Subitaneis mortibus. Libri duo. Romae, Typis Francisci Buagni 1707. - Lucca, 1707, Pellegrino Frediani. - Venezia, 1709, Andrea Poletti. - Lipsia, 1709, Federico Gleditsch.
Alla stampa dettero origine le frequenti morti improvvise che colpirono Roma nei primi anni del secolo XVIII. L'opera fu accolta con entusiasmo dagli Studiosi. Bernardino Ramazzini dell'Università di Padova, scrivendo all'Autore, diceva: «Hai mostrato un grande documento della Tua fecondità ». E Luca Tozzi: «Con piacere e ammirazione leggo la Tua pubblicazione. Ammiro l'eleganza dello stile, lo splendore della Lingua Romana - era Latino -, il metodo conciso e la solida dottrina ».
6 - Votum super primo, secundo & quarto ex propositis Miraculis pro Canonizatione Pii V. Romae, 1708.
7 - Epistolae tres.1a. Antonio Pacchioni, 20 et 30. Jo. Dominico Branciardo. (Considerazioni ed esperienze intorno alla generazione de’ vermi del corpo umano, fatte da Antonio Vallisnieri. Padova, 1710).
8 - Dissertatio de nativis, deque adventitiis Romani coeli qualitatibus; cui accedit historia epidemiae rheumaticae quae per hiemem anni 1709 vagata est. Romae, apud Franc. Gonzagam, 1711.
Il Ramazzini la chiama opera egregia e piena di dottrina. E il Vallisneri dice al Lancisi: «Con sottile indagine studii i venti e gli effluvii vaganti nell'aria e così provvedi alla salute dei cittadini ».
9 - De bilis secretione (Historia Hepatis.) Aug. Taur. 1711. Dissertatio physiognomica et de sede cogitantis animae. (Osservazioni anatomico-mediche del Poletti), Venezia 1713.
Per il suo pregio Giovanni Fantoni, Medico del Duca di Savoia, la inserì nella sua Opera: «Osservazioni Anatomico-Mediche ».
10 - Dissertatio Historica de bovilla peste ex Campaniae finibus anno 1713, Latio importata, deque praesidiis per SS. Patrem Clementem XI Pont. Max. opportune adhibitis, cui accedit Consilium de equorum epidemia, quae Romae grassata est anno 1712. Romae, Tip. Salvioni, 1715.
Vide la luce in occasione di un'epidemia di Cavalli e di Buoi nella Campania e nel Lazio nell'anno 1712-1713. Tratta di rimedi e di provvedimenti presi d'ordine di Papa Clemente XI. Si ebbero due Edizioni in Roma del 1715 e 1716 e una in Avignone del 1716.
11 - Dissertazione epistolare (sulla epizoozia dei buoi e la preservazione dal morbo) scritta al p. Antonio Ma Borromeo e riportata nell’Istoria, dello stesso Borromeo, dell’epidemia dei bovi. Venezia, 1712.
12 - Lettera al Sig. Antonio Vallisnieri sopra il ritrovamento delle tavole anatomiche di Bartolomeo Eustachio (Giornale dei Letterati, tomo XII). Ven. 1712.
13 - Tabulae Anatomicae Bartholomaei Eustachii, quas e tenebris tandem vindicatas & Praefatione, Notisque illustravit, ac ipso suae Bibliothecae dedicationis die publici juris fecit Jo. Ma Lancisius. Romae, typ. Franc. Gonzagae, 1714.
Le Tavole d'Eustachio, rinvenute in Urbino, da Papa Clemente XI furono date in dono al Lancisi, che le illustrò con Note erudite e le presentò agli intervenuti alla Inaugurazione della Biblioteca Lancisiana il 21 maggio 1714, dove fu presente il Papa e venti Porporati.
14 - Dissertationes de ortu et textura fungorum ad Ludovicum Ferdinandum Marsilium - Et Physiologicae Animadversiones in Plinianae Villae Ruderibus, atque Ostiensis Litoris incremento. Romae, Gonzaga, 1714.
Belle dissertazioni sulla nascita, vegetazione e tessitura dei Funghi; sugli Avanzi della Villa di Plinio e sull'accrescimento della Spiaggia di Ostia.
15 - Dissertatio de recta Medicorum Studiorum ratione instituenda; habita ad novae Academiae Alumnos et Medicinae Tyrones in Archinosocomio S. Spiritus in Saxia. Romae, typis Jo. Mariae Salvioni, 1715.
Vide la luce per l'inaugurazione dell'Accademia, il giorno 25 aprile 1715 alla presenza di tredici Cardinali.
Con fine giudizio e profonda erudizione consiglia i Giovani Medici sul come devono comportarsi per giungere alla perfezione nell' Arte divina della Medicina. Fu stampata a Roma dal Salvioni nel 1715 e nel 1716, e poi una terza volta in Avignone.
16 - Epistola Physico-Medica ad Ill. & Rev. D. Philippum de Turre, Episc. Adrinsem, de Morbo, interitu, & funere... D. Horatii Albani (Clementis XI) germani, fratris (Centuria IlI. & IV. Accademiae, ecc. Naturae Curiosorum, Noribergae, 1715, Appendice).
17 - Michaelis Mercati Samminiatensis, Metallotheca. Opus posthumum auctoritate et munif. Clementis XI Pont. Max, e tenebris in lucem eductum. Opera autem et studio Jo. Mariae Lancisii archiatri pontificii illustratum. Romae MDCCXVII, ex off. Jo. Mariae Salvioni, Romani, in Archigymn. Sapientiae.
18 - De noxiis paludum effluviis eorumque remediis, Libri duo, Romae, ex typ. Jo. Mariae Salvioni, 1717.
19 - Opera quae hactenus prodierunt omnia; Dissertationibus nonnullis, adhuc dum ineditis, locupletata, et ab ipso auctore recognita, atque emendata. Collegit, ac in ordinem digessit Petrus Assaltus, Genevae, sumptibus fratrum de Tournes, 1718. Ristampa con giunte, Romae, ex typ. Palladis, ap. Nic. et Marcum Palearinos, 1745.
20 - Lettera al signor Antonio Vallisnieri (sopra alcuni errori incorsi nella sua opera: De noxiis paludum effluviis). Giornale dei letterati d’Italia, Ven. 1718.
21 - Epistola Ludovico XIV Gallorum Regi. Roma, 1718, De Martiis.
22 - Dissertationes Anatomico-Medicae, altera de vena sine pari; altera de gangliis pernorum, cum explicationibus duarum tabularum (ab auctore missarum), Io Bapt. Morgagni Adversaria Anatomica. Patavii, 1719. Anatomica quinta.
23 - Jannellius Januarius Historia Morbi Cardinalis Caroli Columnae, cum brevi scholio, Acced. Annotationes Jo. Mariae Lancisi. Romae, apud Franc. Gonzagam, 1719.
24 - De natura & praesagio Dioscurorum, nautis in tempestate apparentium, Dissertatio Epistolaris ad Joannem Olivam Rhodiginum, Romae, 1720.
25 - Epistola Antonio Coelestino Cocchio, de aneurismate intra pectus sepulto. In Cocchii Epistolis Phisico-Medicis. Romae, 1725.
26 - De motu cordis, & aneurismatibus, Opus postumum in duas partes divisum, Romae, apud Jo. Mariam Salvioni, 1728.
27 - Lettera a Filippo della Torre vescovo d'Adria, sopra un male d'occhi d'un fanciullo (Raccolta d'Opuscoli scientifici del P. Angelo Cologerà, tomo 33. Venezia 1745).
28 - Epistolae duae, altera Jo. Bapt. Morgagno, altera Jo. Bapt. Blanchio. In I. B. Morgagni, Adversaria anatomica omnia, archetypis aereis tabulis... ornata. Venetiis, ex typ.
Remondiniana, 1762.
29 - Del merito letterario di Lorenzo Bellini, fiorentino, di Pirro Maria Gabrielli, senese, di Vitale Giordani, nelle Vite degli Arcadi illustri.
88 – LXXIV - 4-10 - Lancisi J. M., Compendium totius Medicinae - Compendium Claudini de ingressu ad Infirmos - Tractatus de magnete et de Sfera Armillare.
134 - LXXV - 2-1 - Ristretto delle prediche del P. Casalini nel Quaresimale del 1691.
147 - LXXV - 2-14 - Lancisi G. M., Dieci lettere scritte a G. C. Battelli intorno alle cose da Lui osservate nel viaggio fatto da Roma a Urbino.
148 - LXXV - 2-15 - Lancisi G. M., Giornale dell'ultima infermità di Innocenzo XI.
149 - LXXV - 2-16
150 - LXXV - 2-17
151 - LXXV - 2-18 - Lancisi G. M., De tumoribus.
152 - LXXV - 2-19 - Lancisi G. M., Tractatus de febribus.
153 - LXXV - 2-20 - Lancisi G. M., Prolusiones et Orationes variae.
154 – LXXV - 2-21 - Lancisi G. M. et Salvatori I. B., Dissertatio epistolaris apologetica.
155 – LXXV – 2-22 - Lancisi G. M., Raccolta di varie lettere scritte a diversi personaggi.
156 - LXXV - 2-23 - Lancisi G.M., Miscellanea sive repertorium medicum.
157 – LXXV - 2-24 - Lancisi J. M., Dissertatio de Nativis, deque adventitiis Romani Coeli qualitatibus, cui accedit Historia epidemiae rheumaticae, MDCCIX.
171 - LXXV - 3-15 - Lancisi G. M., Secondo viaggio allo Stato d'Urbino.
172 – LXXV - 3-16 - Lancisi G. M., Notizie, testimoni e consulti concernenti le tre epidemie di Pesaro, Bagnorea e Ferentino.
Da 193 - LXXVI -1-1 - Lancisi J. M., Studia Iuvenilia aut Repertorium ab anno 1672.
a 213 - LXXVI -2-11 - Tomi 21, a Lictera A ad Z.
214 - LXXVI -2-12 - Lancisi G. M., Miscellanea.
215 – LXXVI - 2 -13 - Lancisi G. M., Commentaria in Hippocratis librum De Capitis Vulneribus.
Da 254 - LXXVI -3-1 -Lancisi G. M., Consulti Latini di vari Medici -Tomi Tredici.
a 266 - LXXVI -3-13 -
295 - LXXVII -2-1 - Lancisi G. M., Miscellanea Varia.
Da 296 - LXXVII -2-2 - Lancisi J. M., Dissertationes et Epistolae -Tom. I e II.
a 297 - LXXVII -2-3 -
298 - LXXVII -2-4 - Lancisi I. M., Exercitatio epistolaris.
299 - LXXVII -2-5 - Lancisi I. M., Consultationes Medicae.
300 - LXXVII -2-6 - Lancisi I. M., Consultationes et Epistolae' Medicae.
301 - LXXVII -2-7 - Lancisi I. M., Epistolae et Dissertationes.
302 - LXXVII -2-8 - Lancisi G. M., Lettere e pareri intorno all'epiciemia dei buoi e cavalli.
303 - LXXVII -2-9 - Lancisi I. M., Vota Sanctorum pro Veritate.
304 - LXXVII -2-10 - Lancisi I. M., De structura motuque Cordis. Arteriarum et Sanguinis.
305 - LXXVII -2-11 - Lancisi I. M., Dissertationes et Edicta de Bovilla Peste.
306 - LXXVII -2-12 - Lancisi I. M., Literae Apostolicae et Dissertationes.
Da 308 - LXXVII -3-2 - Lancisi I. M., Epistolae Consultivae, Tom. Tre.
a 310 - LXXVII -3-4
311 - LXXVII -3-5 - Lancisi G. M., Consulti e risposte intorno a diverse indisposizioni del 1688.
312 - LXXVII -3-6 - Lancisi I, M., Praelectiones de formatione foetus in utero.
313 - LXXVII -3-7 - Lancisi I. M., Tractatus de Urinis et Commentarius in Hippocratis Prognostica.
314 - LXXVII -3-8 - Bonomo Cosimo e Lancisi G. M., Dissertazione apologetica intorno ai vermi osservati nella rogna. (Vi è unito il fascic. di Bonomo su i pellicelli del corpo umano).
349 - Blocco Mss. 1 - Patente al Medico Pietro Francesco Montalti.
2 - Carte su i benefici ecclesiastici goduti da Lancisi.
3 - Carte diverse al Lancisi per pareri.
4 - Frammenti del Ms. De Motu Cordis con correzioni del Lancisi.
5 - Appunti di Vari Argomenti.